Im Zentrum stehen die Werke Gabriele Münters sowie Arbeiten der Künstler der „Neuen Künstlervereinigung München“ und des „Blauen Reiter“, welchen seit 1908 in dieser reizvollen Landschaft der entscheidende Durchbruch zu einer neuen expressiven Malerei gelang.
Neben Gemälden und Grafiken Gabriele Münters zeigt die Sammlung „Neue Künstlervereinigung München” und „Der Blaue Reiter” zahlreiche Werke von Wassily Kandinsky, Franz Marc, Alexej Jawlensky, Marianne von Werefkin, Alexander Kanoldt, Heinrich Campendonk, Erma Bossi und Adolf Erbslöh, aber auch des Einzelgängers Max Beckmann und anderen Künstlern.
Die Malerei im 19. Jahrhundert ist ein weiterer Schwerpunkt. Bereits vor 1900 entdeckten Münchner Maler die poetischen Reize der Natur für ihre Malerei. Nicht nur zahlreiche Münchner Maler, wie z. B. Eduard Schleich d. Ä., Adolf Lier und Carl Spitzweg, fanden ihre Motive in der Alpenvorlandschaft, sondern auch „Wilhelm Busch und Christian E. B. Morgenstern aus dem Norden Deutschlands.
Sehenswert und einzigartig ist die ständige Dokumentation zu Leben und Werk des Schriftstellers Ödön von Horváth, der in den Jahren 1923 bis 1933 in Murnau lebte, seine Stücke „Zur schönen Aussicht“, „Glaube Liebe Hoffnung“ u.a. schrieb und hier den Roman „Jugend ohne Gott“ begann.
Die vielseitige Hinterglaskunstsammlung des Museums zeigt regionale Exponate aus dem Staffelseegebiet und aus Augsburg sowie internationale Hinterglasmalregionen aus aller Welt. Darunter sind Werke aus den Sammlungen von Udo und Hedi Dammert und Wilhelm Gartner. Neben weiteren Sequenzen, die sich ikonographischen und stilistischen Schwerpunkten widmen, reihen sich die moderne und zeitgenössische Hinterglaskunst mit Werken von Paul Klee, Oskar Schlemmer, August Macke, Gabriele Münter und Carl Rabus bis hin zu Cuno Fischer, Fride WirtlWalser, Gaby Terhuven, Gerhard Richter und Rupprecht Geiger ein.